蛋白Marker主要分為未預染蛋白Marker和預染蛋白Marker兩種，另外還有一些其他類(lèi)型的蛋白Marker：如顯影蛋白Marker等。
未預染蛋白Marker：
是幾種已知分子量并純化好的蛋白質(zhì)預混液。
非預染蛋白Marker在電泳過(guò)程中看不到，電泳結束后經(jīng)過(guò)蛋白染色后才能起指示作用，無(wú)法在實(shí)驗過(guò)程中起預示作用。
但是由于蛋白沒(méi)有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以最準確。
預染蛋白Marker：
是純化好的幾種蛋白，通過(guò)與染料共價(jià)耦聯(lián)后混合在一起，在電泳過(guò)程中或者轉膜時(shí)可以直接觀(guān)察到的一種蛋白Marker。
預染蛋白Marker又可分為單色預染和多色預染。
Marker條帶越多參考價(jià)值越大，同時(shí)也越難區分，若用不同顏色則容易辨認；
單色的Marker通常利用其中某些條帶加倍濃度來(lái)提示其大小。
預染蛋白Marker在電泳過(guò)程可以起到預示作用，當觀(guān)察目標蛋白大小位置進(jìn)入最佳分辨區時(shí)，停止電泳，以得到最佳分辨效果。
轉膜過(guò)程可以監測轉膜效率，同時(shí)可以在膜上標記蛋白分子量。
但是，預染蛋白Marker與染料共價(jià)偶聯(lián)，在不同的緩沖條件下，電泳遷移特性可能會(huì )發(fā)生某些變化，導致一些偏差。
也就是說(shuō)，預染蛋白Marker條帶代表的是相對大小，而不是絕對大小。
顯影蛋白Marker：
顯影蛋白Marker，蛋白條帶中含有IgG結合位點(diǎn)，IgG結合位點(diǎn)會(huì )結合用于檢測靶蛋白的一抗或二抗，使得蛋白Marker在印跡膜上可與目的條帶一同呈現。
通常會(huì )有兩個(gè)預染條帶，便于動(dòng)態(tài)觀(guān)察蛋白質(zhì)電泳狀態(tài)，判斷轉膜效果和方向；
結合抗體后經(jīng)化學(xué)發(fā)光檢測可顯示多個(gè)條帶。
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